在阿古柏的统治下，南疆各族民不聊生，尤其是塔吉克族人流离失所，人口大批减少，直到1876年，左宗棠率军西征阿古柏，看到希望塔吉克族人相继加入西征大军，最终收复了失地。

战后，为了巩固边防，清廷在塔什库尔干设立兵站，建立卡伦（哨所），但由于边境线气候恶劣、地形复杂，防卫、巡边工作大多由当地的塔吉克族人完成。

可以说，这是塔什库尔干地区最早的军民联防制度，至今已有146年。

1879年，曾有在边境流窜的阿古柏残部再次进攻色勒库尔，当时城内没有清军驻扎，塔吉克族人固守七天。第八天，久攻不下的阿古柏残部前来劝降，塔吉克族人假装投降，将敌军头目骗到城里诱杀。

当残部大军反应过来，清军的支援已从喀什赶来，最后将这支流窜的入侵者全部歼灭。

▲阿古柏军队

这场战役，堪称是塔吉克族人民与中央军队进行边境联防的绝佳战例。不得不说，卫国戍边都快成塔吉克族人的民族传统了。

后来，一直想要吞并塔什库尔干的浩罕汗国，因沙皇俄国入侵而灭国。但没了一个浩罕汗国，却多了一个大肆扩张的帝国。

1891年、1892年，俄军两次出兵攻占西北大片地域，清政府由于内忧外患，也只能暂时搁置西北边界争端。

见清廷羸弱，1895年沙皇俄国与英国举行“伦敦会议”瓜分帕米尔高原，仅把现今的塔吉克自治县部分地区留给中国，并准备进一步蚕食，啃下塔吉克族这块硬骨头。