《公约》作为防止生物武器扩散领域的重要条约，其一项重要机制就是信任措施机制。经过几次修订，该机制目前要求各缔约国交换生物技术实验中心和实验室情况、传染性疾病暴发情况、相关立法和行政法规等6个方面的信息。各缔约国通过情报信息的交换，避免或减少信息模糊、相互怀疑等情况的发生，加强和平利用生物科技方面的国际合作，增进缔约国之间的信任。为方便各缔约国提交和获取相关信息，《公约》还建立了信任措施机制网络平台。不过，由于缺乏硬性约束机制，导致实际效果不佳。目前参加信任措施机制的国家未超过缔约国数量的一半。

相比化学武器和核武器方面的裁军机制，《公约》缺乏确认缔约国遵守情况的机制和独立的国际机构来推动相关工作，导致其效力受损。为此，《公约》各缔约国曾试图建立约束性更强的核查机制。

2001年3月，《公约》缔约国特别小组提出一份长达210页的核查机制草案。当年7月，美国不顾各方共识、单方面拒绝通过该草案，并退出核查议定书多边谈判，导致谈判进程中止。美国声称，核查机制不会改善《公约》的遵守情况，还会损害美国的国家安全和商业利益。此后，美国一直一意孤行，并多次阻挠谈判重启。至今，尽管存在压倒性共识，《公约》缔约国始终未能重启核查议定书多边谈判。分析人士表示，美国的相关做法破坏了国际社会长期以来为防止生物武器扩散而做出的努力，对比美国对伊拉克和其他敌对国家所谓拥有生物武器的指控，美国的做法明显是双标行为。

除信任措施机制效果不佳、核查机制尚未建立外，《公约》在机构建设上也较为落后。如前文提到的“执行支助股”，只有3人，预算比一家连锁快餐店还要少。相比之下，禁止化学武器公约组织约有500名雇员，国际原子能机构约有2600名雇员，全面禁止核试验条约组织筹备委员会约有280名工作人员。此外，《公约》还面临核查生物武器的技术挑战、财政状况不佳等问题。