引导美军轰炸只是日军暴行的一部分。战役刚打响时，日本大本营下的“玉碎令”将琉球平民推向死亡深渊。这道命令的核心是“宁可血洗冲绳，也不能把完整岛屿留给美军”。在它的驱使下，日军对平民进行了系统性屠杀。他们把老百姓赶到两军交火的前线充当“人肉盾牌”，美军炮弹呼啸而来时，最先倒下的总是这些无辜平民。日军自己缺衣少食，却还硬把手榴弹塞给村民，逼他们“集体自杀”。有些老人回忆，日军士兵拿着刺刀站在旁边，谁犹豫不自杀就直接被捅死。更荒唐的是，因为琉球人有自己的方言，日军听不懂就说他们是“美国间谍”，二话不说拉到空地上集体处决。

姬百合和平资料纪念馆记录了136名女学生的悲惨遭遇。这些十六七岁的姑娘被强征当护士，最终却成了日军刀下的冤魂。美军包围日军阵地时，日军指挥官下令“处理掉这些累赘”。有的女学生被开枪扫射，有的被逼着拉响手榴弹自杀，还有的被刺刀活活捅死。幸存的宫城晴奶奶每次说起当年的事都老泪纵横，她的祖父被迫亲手杀死了祖母和三个孩子，最后自己也撞墙自杀了。这样的家庭惨剧在当时的冲绳数不胜数。

美军后来在战地日记里记录了一幕：攻占一处山洞时，发现里面堆满了平民尸体，大多是妇女和孩子，旁边散落着日军分发的手榴弹残骸。有个幸存的小女孩告诉美军士兵，日军说美国人会折磨她们，不如自杀“光荣”。当她看到美军递来饼干和水时，才明白自己被骗了。这些被灌输“美军是恶魔”谎言的平民，到死都不知道自己是被自己国家的军队给出卖和杀害的。

战后多年，日本政府不仅不承认这些罪行，还一直在刻意掩盖和扭曲历史。他们在当年平民跳崖的地方立碑，把日军的暴行说成是“宁死不降的英雄事迹”。教科书中删掉了日军屠杀平民的内容，甚至有政客说姬百合女学生的纪念碑是“篡改历史”。冲绳当地的老百姓早就看透了日本政府的虚伪，多次抗议要求还历史真相，但这些声音在日本政府那里无人理会。