实战经验表明，武装直升机、察打一体无人机是反小艇的一个很好选择。小艇的防空能力一般不高，相对来说，武装直升机和无人机速度更快，携带有各种类反舰导弹和航空机炮，可以在关键时刻出现在关键的地点，是轻小型水面舰艇天敌。俄乌冲突中，俄海军卡-29直升机和卡-27直升机通过反舰导弹或机枪火力，多次在远离军港和战略设施的安全距离外摧毁或有效拦截乌军自杀式无人艇。

另外俄军给军舰配备小型无人机或巡飞弹，通过以“无人”对“无人”、以小对小来摧毁小艇也是可行方案之一。在2024年3月末，俄罗斯无人驾驶综合解决方案中心（CUS）总经理德米特里·库贾金就向卫星通讯社表示，穿越机（FPV）将能够保护黑海舰队免受乌军无人艇攻击，俄罗斯海军无人机操作员正在接受相关培训。

对于水面舰艇来说，各种主炮和副炮是拦截各种小艇的第一道防线。此类武器射程远、威力大，不论是直接命中还是近失都会对小艇造成巨大破坏，如果结合制导炮弹将更具效果。另外反蛙人火箭炮在未来或许也能在反小艇作战中发挥一定作用。此类武器实质上是一种小型反潜深弹发射器，以55毫米反蛙人火箭炮为例，其火控系统可以做到全自动搜索/攻击蛙人，10联装的火箭弹可以实现单发、组合发射、齐射的方式，最大攻击距离2000米。

在导弹方面，美国为其濒海战斗舰（LCS）配备了垂直发射型“海尔法”导弹的任务模块，该模块发射的“长弓海尔法”采用毫米波制导方式，抗干扰能力强，可全天候作战，并且可以“发射后不管”；而垂直发射系统装载密度大、几乎没有发射死角、可360度打击；二者在结合后可以用来打击海盗或恐怖分子操纵的小型快艇等高速移动的海上目标。