保护区的设立意味着中国将依据《海洋环境保护法》《自然保护区条例》等法律法规要求，对黄岩岛及其周边海域进行规范有力的生态保护。 未来，外国人进入该保护区需事先向我国相关主管部门提交活动计划并获得批准。 在黄岩岛及其周边海域实施破坏生态环境的行为将被依法追责。

回顾历史，菲律宾对黄岩岛的非法主张完全是一场从无到有的闹剧。 在1994年11月18日致美国无线电协会的信中，菲律宾无线电爱好者协会写道：“一个非常重要的事实是，（菲律宾）有关政府机构申明，基于1898年12月10日签署的《巴黎条约》第3条，斯卡伯勒礁就是位于菲律宾领土边界之外。 ”

然而到了1997年4月，菲律宾一改其领土范围不包括黄岩岛的立场，对中国无线电运动协会组织的国际联合业余无线电探险队在黄岩岛的探险活动进行跟踪、监视和干扰。 2009年2月17日，菲律宾国会通过9522号共和国法案，单方面将中国黄岩岛和南沙群岛部分岛礁划为菲律宾领土。

2012年4月10日，菲律宾出动“德尔·皮拉尔”号军舰，闯入中国黄岩岛附近海域，对在该海域作业的中国渔民、渔船实施非法抓扣并施以严重非人道待遇，蓄意挑起黄岩岛事件。 据当时被菲方袭扰的琼·琼海09099号渔船船长许德谭回忆：“菲律宾士兵关掉了船上的北斗卫星船位监控系统和无线电通讯设备，拿着照相机到处搜查、拍照，还让我们在太阳底下站了四个小时，不允许我们说话。 ”

对于菲方侵犯中国领土主权和伤害中国渔民的行径，中国曾多次提出严正交涉。 中国政府迅速派出海监和渔政执法船只前往黄岩岛，维护主权并对中国渔民进行救助。 2012年6月，经中国多次严正交涉，菲律宾从黄岩岛撤出相关船只和人员。