伊朗司法机构下令在全国范围内设立特别法庭，以起诉在搜捕以色列间谍行动中被拘留的相关人员。随着伊朗和以色列停火，伊朗情报部门持续打击和清除渗透分子、间谍及特工网络，特别是来自美国中央情报局和以色列摩萨德的人员与代理人。

摩萨德局长达维德·巴尔内亚透露，在高峰期有数百名摩萨德特工活跃在伊朗境内，他们花费数月甚至数年时间等待正确时机。以色列方面声称，此次冲突中多名遇袭的伊朗高级将领和核科学家的位置是由以色列情报网络确定的。以色列军事情报专家米丽·埃辛表示，大多数人不会完全脱离网络，因此可以追踪到任何人。以色列还利用人工智能快速筛选数据，以确定潜在目标。

摩萨德发布了短视频，展示了以色列特工向伊朗走私无人机零部件并袭击伊朗防空系统的画面。据媒体报道，以色列通过手提箱、卡车和集装箱向伊朗走私零部件，用来组装数百架装有炸药的四旋翼无人机，对伊朗防空阵地和导弹发射场区域发动袭击。此外，摩萨德还对伊朗发动了心理战，直接致电20多名伊朗高级将领发出威胁，并发布部分通话录音，意图恐吓伊朗官员，扰乱其政权稳定。

早在这次冲突前，摩萨德对伊朗权力体系的渗透就已显现。华盛顿近东政策研究所伊朗问题专家霍莉·达格雷斯表示，多年来，摩萨德将伊朗视为游乐场，从暗杀高级核科学家到破坏伊朗核设施，以色列一再证明自己在这场“影子战争”中占据上风。伊朗最高领袖哈梅内伊的高级顾问阿里·拉里贾尼也承认，近年来以色列对伊朗的渗透问题变得非常严重。

2020年，伊朗核物理学家穆赫辛·法赫里扎德遭暗杀，暗杀使用的武器印有以色列军工产业标识和参数。2024年，摩萨德策划实施了在伊朗首都德黑兰暗杀时任哈马斯领导人伊斯梅尔·哈尼亚。伊朗还指责以色列发动了多次“网络破坏行动”，如2023年12月，伊朗全国范围内的加油站系统遭黑客攻击，导致约70%的加油站服务中断。

以伊停火后，摩萨德公开表示将继续密切关注所有已知的伊朗项目。为应对以色列渗透，伊朗持续搜捕以色列间谍，已有700多人因涉嫌从事间谍活动被捕，部分人经过司法程序后遭处决。伊朗近日要求民众警惕戴墨镜或帽子的人、带篷卡车以及深夜行驶的货车，并发布海报提醒人们报告异常情况。摩萨德则继续在波斯语社交媒体账号上进行心理战，喊话伊朗民众避免关注其页面或回复帖文。