伊斯法罕是伊朗最大的核研究中心所在地。国际原子能机构曾报告说伊斯法罕核设施综合体的几座建筑物受损，其中一些建筑物内可能有核材料。在五角大楼新闻发布会上，美国参谋长联席会议主席丹·凯恩将军称，一艘美国潜艇“向伊斯法罕基地的关键地面基础设施目标发射了十多枚战斧对陆攻击巡航导弹”。美国的袭击进一步破坏了这处核设施的建筑物，国际原子能机构已确定地下隧道的入口受到了影响。奥尔布赖特也表示，初步报告显示，美国袭击了伊斯法罕核设施附近的隧道群，“那里通常储存浓缩铀”。分析发现，美军空袭后，卫星图像上至少可见18座被摧毁或部分损毁的建筑物。空袭掀起的碎石使现场明显变黑。科学与国际安全研究所发布的评估报告称，伊斯法罕的主要铀转化设施“遭到严重破坏”，这种设施负责将天然铀转化为进入离心机的铀。卫星图像显示，隧道入口正在被用土回填。“这可能是为了控制爆炸或防止危险物质从设施中扩散而采取的预防措施。”

袭击发生后，美国高级官员承认他们不知道伊朗近乎炸弹级铀库存的下落。美国副总统JD·万斯在接受美国广播公司《本周》节目采访时说，尽管如此，他认为由于伊朗不再拥有将这些燃料转化为有效武器的设备，其制造核武器的潜力已大幅受挫。但据两名了解情报的以色列官员称，也有证据表明，伊朗最近几天已将设备和铀从核设施转移。越来越多的证据表明，在特朗普反复威胁采取军事行动的情况下，伊朗已转移了400公斤纯度达到60%的铀。这略低于通常用于制造核武器的90%的纯度。格罗西表示，联合国核查小组最后一次看到这些燃料是在以色列开始袭击伊朗前一周左右，“伊朗毫不掩饰他们保护了这些材料。”当被询问燃料库存是否已被移动时，他回答说，燃料库存储存在特殊的容器中，小到可以装进大约10辆汽车的后备箱。