当地时间6月16日凌晨，伊朗首都德黑兰上空再度传出密集爆炸声。当天凌晨，伊朗向以色列发射了导弹。以色列国防军确认有导弹从伊朗发射，并表示其防御系统正在努力拦截威胁。以色列多地拉响防空警报。

根据以军发布的战报，过去三天，以军袭击了伊朗170多个目标和720多处军事基础设施，并将继续加强对伊朗核设施的打击，以使伊朗完全丧失生产核武器及其部件的能力，并持续削弱伊朗的战略打击能力。据伊朗卫生部消息，自6月13日以来，以色列袭击已导致伊朗224人死亡，另有1200多人受伤。截至6月15日，伊朗本轮对以色列的袭击已造成以方16人死亡。

以色列总理内塔尼亚胡在每日视频讲话中表示，以方将彻底消除伊朗核计划和弹道导弹能力的双重威胁。他在接受美国媒体采访时还表示，如果伊朗接受美国提出的放弃其核计划的要求，以色列愿意停止行动。内塔尼亚胡强调，在对伊朗发动袭击的问题上，以色列与美国进行了充分协调，并在行动前通知了美方。

伊朗总统佩泽希齐扬在内阁会议上表示，如果以色列的敌对行动继续下去，伊朗将采取更果断、更严厉的回应。伊朗确定国家利益委员会秘书长穆赫辛·雷扎伊表示，伊朗可能会采取震动整个地区局势的行动，并称在过去两天的反击中，伊朗都使用了配备1.5吨弹头的导弹，而伊朗还拥有更重型武器没有使用。