除了军事设施和装备，以色列此次还杀死了多名伊朗高级官员以及核科学家。一名了解行动细节的以色列高级安全官员透露，许多人被杀死时还躺在家里的床上。这次“定点清除行动”是摩萨德领导的多阶段行动的一部分，旨在杀死伊朗的决策层成员。以色列成功诱骗了伊朗空军部分高级指挥官聚在一起开会，这些人成了袭击目标。另一名以色列消息人士说，他们收集了大量情报，并对伊朗国防机构的高级成员和核科学家进行监视，然后寻机将他们杀死。

6名伊朗高级官员和2名伊朗伊斯兰革命卫队官员在接受采访时称，在以色列发动袭击的当晚，高级军事指挥官没有前往安全屋避难，而是留在自己家中，这是一个致命的决定。伊朗武装部队总参谋长巴盖里在以军袭击中死亡后，伊朗最高领袖哈梅内伊已颁布法令，任命伊朗陆军总司令穆萨维为新任伊朗武装部队总参谋长。

以色列的杀人行动仍未停止，摩萨德已向伊朗部分可能接替死者职务的官员们发送了“死亡通知”。事实上，这并不是摩萨德首次在伊朗境内发起行动。去年7月底，哈马斯政治局时任主席哈尼亚在德黑兰参加伊朗总统就职仪式时遭暗杀，据称是摩萨德主导了此次暗杀。摩萨德此次采取了极为罕见的举动，即公开部分行动的视频。

华盛顿研究所高级研究员霍利·达格雷斯称，多年来摩萨德已经将伊朗视作其“游乐场”，从暗杀伊朗科学家到破坏核设施，以色列似乎在一次次地“证明自己”。

伊朗总统佩泽希齐扬6月14日与法国总统马克龙通电话时表示，只要以色列继续袭击伊朗，伊朗就不会恢复与美国的谈判。伊朗明确表态拒绝恢复同美国的谈判，直指美国“支持以色列侵略”。美国、俄罗斯、土耳其等多国领导人呼吁以伊双方保持克制，重回谈判轨道。

6月14日，中国外交部长王毅分别同伊朗、以色列外长通话，表示中方愿与有关各方保持沟通，为推动地区局势缓和继续发挥建设性作用；强调当务之急是立即采取措施避免冲突升级，防止地区陷入更大动荡，回归外交手段解决问题的轨道。