驻日美军司令部是名义上驻日美军的最高指挥机构，设在东京都西部的横田空军基地，司令由美国空军第五航空队司令兼任，军衔为空军中将。但这个司令部主要负责的是与日本政府和自卫队的事务谈判，以及《日美地位协定》运用层面的协调工作等。由于驻日美军隶属于位于夏威夷的美国印太司令部，其部队调动和部署均由后者负责，因此驻日美军司令部在监督日美联合训练和运用日美安保条约等方面受到较大限制，在未来地区冲突和战争中作用有限，美军一直希望通过对其进行重组来改变这个现状。

截至目前，美日官方都没有对外宣布驻日美军司令部的重组方案，但根据相关媒体公开报道，在本次重组后，美国印太司令部会将部分作战指挥权下放到驻日美军司令部，未来除了第七舰队及驻日海军陆战队等指挥权继续归印太司令部外，其它部队的调动和使用均可由驻日美军司令部直接实施。而获得指挥权后的驻日美军指挥体制将更加扁平化，将在美日联合军演、情报共享、与日本自卫队统合作战司令部协调、物资调度等方面权限更大，从而逐步形成以横田基地为指挥中枢，第七舰队母港横须贺基地、军机“大本营”岩国基地和海军陆战队驻扎地冲绳基地为支点的联合作战网络，以应对地区安全形势和未来作战的需要。

美日举行联合两栖登陆演习。

建立更加有效的联合指挥机制

从目前驻日美军司令部的指挥体制来看，与驻韩美军有着很大的不同。在韩国，驻韩美军和韩国军队的指挥控制是一体化的，美韩联合司令部可以对驻韩美军和韩军实施直接作战指挥。而日本自卫队和驻日美军指挥系统则是分离的，驻日美军司令部只是在名义上掌管驻日美军部队，后者的调动和部署实际都由印太司令部负责指挥，所以历史上曾多次出现美国海军和海军陆战队绕过驻日美军司令部，直接与日本海上自卫队进行有关联合训练工作的对接的情况，例如在每年举行的美日“利剑”军演中，驻日美军直接接受美印太司令部的指挥，让驻日美军司令部处于有名无实的尴尬境地。此外，在驻日美军基地搬迁等事务中，驻日美军司令部也因“战力关联少”而存在感不强。