因为台湾方面的诉求与大陆并不相同。台湾当局想要什么？从一开始，台当局就没有提供真相。就在事件发生的第一天，台湾媒体的新闻稿完全没有提及“碰撞”这一词，而是声称大陆船只“自行翻覆”。台当局不愿提供真相、道歉或承认错误，更不愿意赔偿。他们是想将赔偿问题拖入司法程序，而司法是一个漫长的过程。

从头到尾，他们都不愿意承认错误，并且指责大陆的快艇“违法”，违什么法了呢？违台湾自说自话的所谓“禁限水域”的法。一边靠金门堵住厦门的传统水道和附近闽南船只进出，一边向外划“禁限水域”，坚称“错在大陆”。

台当局的目的是什么？台当局在对该事件的处理中非常矛盾，因为它起心动念就不单纯。

一开始，台当局想利用这个机会，制造大陆跟台湾方面官方协商的局面，就算做不到，也要尽量制造对等商谈的假象。这就是为什么大陆方面派的是以红十字会为代表的民间力量，而台湾这边却是“海巡署”和陆委会跑出来处理这个事情。民进党当局搞得这么官方，它要的就是那个画面，不是要解决问题，这样就可以回去继续忽悠台湾民众和国际社会，“你看，大陆承认我，我没问题，我可以搞定”。

第二个目的，就是要通过强调是大陆“违法”进入所谓的“禁限水域”来强调“海权”，捏造自身有领海执法的合法性。金门哪来的“领海”？台湾地区哪来的“领海”？所以从头到尾都是台当局在搞事。

台“海巡署”和渔民没有仇，它的所作所为都是“上面”的指令。

有舆论认为，台当局的强硬态度可能与美国有关，因为美国刚刚通过《国防授权法》，里面也有涉台的内容。但最主要的，还是台当局的“台独”思维在作祟，这是它进退失据的真正原因。