然而，1997年4月，菲律宾一改其领土范围不包括黄岩岛的立场，对中国无线电运动协会组织的国际联合业余无线电探险队在黄岩岛的探险活动进行跟踪、监视和干扰，甚至不顾历史事实，声称黄岩岛在菲律宾主张的200海里专属经济区内，因此是“菲律宾领土”。2009年2月17日，菲律宾国会通过9522号共和国法案，单方面将中国黄岩岛和南沙群岛部分岛礁划为菲律宾领土。2012年4月10日，菲律宾出动“德尔·皮拉尔”号军舰，闯入中国黄岩岛附近海域，对在该海域作业的中国渔民、渔船实施非法抓扣并施以严重非人道待遇，蓄意挑起黄岩岛事件。

对于菲方侵犯中国领土主权和伤害中国渔民的行径，中国曾多次提出严正交涉。与此同时，中国政府迅速派出海监和渔政执法船只前往黄岩岛，维护主权并对中国渔民进行救助。2012年6月，经中国多次严正交涉，菲律宾从黄岩岛撤出相关船只和人员。

2013年1月22日，菲律宾政府违背中菲之间达成并多次确认的通过谈判解决南海有关争议的共识，违反其在《南海各方行为宣言》中作出的庄严承诺，在明知领土争议不属于《联合国海洋法公约》（以下称《公约》）调整范围，海洋划界争议已被中国2006年有关声明排除的情况下，蓄意将有关争议包装成单纯的《公约》解释或适用问题，滥用《公约》争端解决机制，单方面提起南海仲裁案。菲律宾此举不是为了解决与中国的争议，而是企图借此否定中国在南海的领土主权和海洋权益，其行为是恶意的。

菲律宾对中国黄岩岛提出的非法领土要求没有任何国际法依据。所谓黄岩岛在菲律宾200海里专属经济区内因而是“菲律宾领土”的主张，显然是对国际法蓄意和荒唐的歪曲。陆地统治海洋是国际海洋法的基本原则。《公约》允许沿海国建立200海里专属经济区，但是沿海国无权因此而损害其他国的固有领土主权。以《公约》去改变领土主权归属的想法和做法是违反国际法、包括《公约》的宗旨和原则的。