1987年，“巴勒斯坦大起义”爆发。加沙地带的巴勒斯坦人走上街头，用游行、罢工等方式反抗以色列的占领。24岁的哈尼亚参加了这场抗议活动。起义结束后，他被以色列逮捕，监禁了6个月。

正是在这场起义中，哈马斯诞生了。年轻的哈尼亚成为哈马斯创始人之一。哈马斯被以色列认定为非法组织。两年后，哈尼亚再一次被以当局逮捕。蹲了3年大牢后，他于1992年被释放，并被驱逐到黎巴嫩南部地区。

1993年，巴勒斯坦国总统阿拉法特和以色列时任总理拉宾签订《奥斯陆协议》，巴以关系得到缓和。哈尼亚得以重返加沙地带。这次回国，哈尼亚威望大增。他被任命为伊斯兰大学校长，并受到当时的哈马斯领导人亚辛的器重。1997年，他成为亚辛的私人秘书，由此进入哈马斯领导层。

从那时起，哈尼亚就成了以军刺杀的目标。据报道，以军2003年多次刺杀亚辛和哈尼亚，两人曾逃过一劫，但亚辛最终被刺身亡。哈尼亚接班，成为哈马斯的实际领导人。

之后几年，哈马斯在加沙地带活动，规模进一步膨胀。

2006年，巴勒斯坦举行首次立法委员会选举，哈马斯击败巴勒斯坦民族解放运动（法塔赫），获得多数席位。后来，哈尼亚出任总理，地位仅次于总统、法塔赫领导人阿巴斯。

然而，哈马斯与法塔赫存在内部矛盾。到2007年，双方分裂，哈尼亚被阿巴斯解职。哈马斯占据了约旦河东岸的加沙地带，法塔赫则控制约旦河西岸。在与法塔赫的冲突中，哈马斯武装人员曾只用5天就占领了阿巴斯的办公室。

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哈马斯拥有各种射程的武器。

近年来，哈马斯不断招兵买马，实力得到提升。据称，哈马斯如今拥有各种射程的武器，攻击范围几乎可覆盖以色列全境。