如今，打破石垣岛平静的是工地上的噪音。据日媒报道，政府计划在石垣岛部署的导弹基地处于施工期，有日本网民去年10月底发帖子说，用智能手机的测量仪器记录的噪音为71.6分贝。基地建设用地涉及民间、市有及国有土地，一块“似乎过去是一座高尔夫球场为主”的地块被收购后用来改建自卫队基地，具体地点在名为“平得大俣”的地方。日本防卫省计划在2022年底前，在此部署规模为500到600人的自卫队导弹部队。相关分析认为，日本政府已从过去的专守防卫改为积极防御或进取性防卫，只要一有机会，就会附和美军的军事行动。

据公开报道，石垣岛上有日本海上保安厅“设在日本最南端”的机构，主要负责琉球群岛南部海域的执法任务，被认为是直接“管理”钓鱼岛附近海域的日本机构。

日媒曾炒作“石垣岛可能成为中国夺取整个琉球群岛的先头岛屿”。去年8月，日本《读卖新闻》等媒体报道了石垣岛修建军营、弹药库、训练场等设施的消息。报道还称，日本防卫省决定在该岛新增一支配备地对舰、地对空导弹的部队，一支可迅速应对武装攻击、大规模自然灾害的警备部队。

值得注意的是，关于石垣岛上军事部署的进展，日本主流媒体的报道十分含糊其词，无非是“正在推进”，都没有给出详细信息。不过持反对意见的当地人会经常去施工现场监督，从他们发布在网络上的照片中可以看到，现场颇为忙碌，基地的大致轮廓基本浮现，且“施工声音很大”。