另一方面，日本也将潜艇部队作为发展重点，力图打造一支“隐蔽性强、打击精准、续航能力突出”的常规潜艇部队。潜艇部队持续将新型的“苍龙”级潜艇、“大鲸”级潜艇，逐步替代老旧的“亲潮”级潜艇。在技术上，“苍龙”级潜艇采用柴电动力+AIP系统水下续航能力可达2-3周，静音性能优异，搭载6具533毫米鱼雷发射管，可发射89式重型鱼雷、“鱼叉”反舰导弹，具备较强的隐蔽打击能力。

日本公开试射12式改进型导弹，导弹采用隐身设计，射程约1000公里，具备远程打击能力。

“大鲸”级潜艇作为“苍龙”级的升级版，排水量达3000吨，配备大型锂离子电池组，相较于传统柴电潜艇，不仅水下续航时间更长、航速更快，还大幅降低了水下信号特征。同时搭载新型18式重型鱼雷与潜射反舰导弹，打击精度与威力进一步提升，其静音性能与隐蔽性已达到世界顶尖水平。日本计划为其配备基于12式导弹家族研发的国产潜射巡航导弹，进一步提升“大鲸”级潜艇的远程打击能力，使其能够在隐蔽状态下对敌方沿海目标、舰艇编队实施精准打击。

另外，日本从美国采购400枚射程约1500公里的“战斧”巡航导弹，计划装备于“金刚”级、“摩耶”级“宙斯盾”驱逐舰。预计2026年实现列装，该导弹射程可达1500公里以上，具备较强的精确打击能力。此外，日本正在研制的12式改进型巡航导弹和新一代反舰导弹都非常重视对陆攻击能力，一旦列装，威胁不小。