1988年，奈温宣布辞职，以苏貌为首的军人集团发动政变。新军人政府上台后，积极推行国内民族和解。1989年，彭家声领导的武装宣布脱离缅共武装，并与政府达成协议，成立掸邦第一特区。根据停火协议，缅甸政府允许彭家声领导的果敢同盟军保留武装，在辖区内实行“划地自管”“高度自治”。在政府与果敢同盟军实现停火的影响下，1989至1994年这6年间，缅甸政府先后与17支民族地方武装签署停火协议。

彭家声领导的果敢同盟军控制果敢后，该地区局势虽然暂时得到稳定，但彭氏与杨氏由于权力控制引发的矛盾逐渐酝酿扩大，最终引发冲突；1992年杨茂良率部发动兵变，彭家声被迫出走果敢。但由于杨茂良执政后大肆贩毒不得人心，加之与其他缅北民地武的利益矛盾日益尖锐，1995年在彭家声女婿林明贤领导的掸邦东部民族民主同盟军和佤邦联合军的支持下，彭家声重返果敢，夺回控制权。

然而，不断的内斗削弱了果敢同盟军的实力。利用果敢同盟军内部内讧分裂，缅甸政府军借机扩大了对果敢地区的渗透力度。1995年，果敢同盟军勐撒拉部发动兵变，缅甸政府军趁机控制了萨尔温江以西的勐古地区。彭家声回到果敢后，缅甸政府军借机进入果敢，并控制多处战略要地。

2003年缅甸政府宣布启动“七步民主路线图”，并推动在果敢等缅北地区开展“禁毒”工作。2004年，积极主张推动民族和解的缅军将领钦纽派系遭到清理，缅甸军方对民地武态度转趋强硬。2008年，缅甸新宪法公布。根据08宪法规定，果敢被定位为自治区。2009年缅甸政府推出了军队改编计划，希望将果敢同盟军收编为缅甸国防部领导下的边防营。

这些安排引发了彭家声的不满。利用果敢同盟军内部彭家声与白所成、刘国玺等人因毒品、博彩等经济利益和权力矛盾日益突出的情况，2009年8月，缅甸政府军以查缉毒品为由，突袭了果敢杨龙寨兵工厂，缅甸政府军与果敢同盟军冲突全面爆发，彭家声兵败率残部离开果敢，政府军控制了果敢地区，白所成率部宣布效忠缅甸政府，终结了彭家声对果敢地区的统治。其后在2015年、2017年，果敢同盟军曾发动武装攻势试图重新控制果敢，但均未能实现目标。