随后,王仲才被分配至北海舰队驱逐舰1支队,先后任“四平”号护卫舰见习副舰长,“哈尔滨”号驱逐舰副舰长,“青岛”号驱逐舰副舰长。2000年后,王仲才担任“杭州”号驱逐舰副舰长、舰长。
此后,王仲才长期在东海舰队服役,并于2013年出任东海舰队厦门水警区司令员。至迟于2016年6月,王仲才已任东海舰队副参谋长,跻身副军级军官。
2017年4月1日,以王仲才为编队指挥员的中国海军第26批护航编队从舟山某军港解缆起航,前往亚丁湾、索马里海域执行护航任务。第26批护航编队由导弹护卫舰黄冈舰、扬州舰,综合补给舰高邮湖舰等组成。
同年8月28日,第26、27批护航编队在亚丁湾西部海域举行了分航仪式,第26批护航编队按计划对有关国家进行友好访问,先后访问比利时、丹麦、英国和法国。(责任编辑:张蕾 TT0001)