不过在进入21世纪后，美国的国家战略和想定对象从与大国争夺海上控制权转向打击恐怖分子。美国海军也认为，冷战结束后面临的外部威胁由大国对抗转变成更加多元化的反恐、地区维稳及海外军力存在等任务，航母战斗群这么大的固定编制，已经不适应当时的要求，有时一艘航母加几艘“伯克”级驱逐舰便可以在诸如阿富汗、也门与利比亚等国家实现战略目的。另一个原因是原先定编的“斯普鲁恩斯”级驱逐舰和“佩里”级护卫舰的使用年限也即将到来，势必会导致故障增加而出勤率下降，无法维持原有的航母战斗群。于是裁撤年限到期、战力不足的“老家伙”，将编制留给更新的“伯克”和“提康德罗加”，再加一艘定编航母的打击群也就横空出世了。因此2003年4月，美国海军作战部长迈克尔·马伦发布了新的3501.65D号指令，有固定编制的航母战斗群被不设定编的航母打击群取代。

相比航母战斗群，航母打击群类似于“灵活用工”性质。除了一艘航空母舰和一个驱逐舰中队是定编的“正式工”，其它兵力视情况需要时再行调入，颇有些“第三方劳务派遣工”的意味。所以目前我们看到较多的情况也就是一艘“提康德罗加”级导弹巡洋舰、一艘“伯克”级驱逐舰外加一艘“尼米兹”级航母共同执行任务。但是如果对手比较强或者区域情况比较复杂，比如前往西太沿海，那么军舰数量可能就会多一些，甚至还会拉入盟国的一些支援舰艇。

美国现役可供使用的航母共有11艘（10艘“尼米兹”级+1艘“福特”级首舰）。但据美国海军学会网站今年8月26日透露，当前全球范围内只有4艘美航母处于部署状态，分别是美国西海岸的“华盛顿”号、东海岸的“艾森豪威尔”号以及中东的“罗斯福”号和“林肯”号，诸多热点地区方向上航母使用捉襟见肘。而在去年4月，美国海军居然出现了全球范围内仅有“尼米兹”号可用的窘境。