台军导弹司令部是在2004年4月1日正式挂牌运作。当时有消息称，台军准备建立一支导弹部队与解放军的二炮部队相抗衡。

　　台军方透露，当初以陆军导弹指挥部为基础，移编海军陆基型“雄风”攻船导弹部队成立导弹司令部，除整合军方导弹防御能力外，也有替陆军“量身打造”之意。因为陆军近年编列高额预算维持原导弹指挥部下辖包括“爱国者”二型导弹、“天弓”、“鹰式”等近30个导弹连。

　　不过台军除炮兵雷达及战场低空雷达外，多数雷达编制都在空军，陆军并没有长程预警能力。不论训练或演习，导弹指挥部都要听空军指挥。所以，尽管军方内部有杂音，但在陆军出身的前任“国防部长”汤曜明强力主导下，导弹指挥部仍从陆军独立出来扩编成导弹司令部，成为军方精进案中唯一组织扩编的单位。

　　然而，尽管导弹司令部风光挂牌，但当时成立颇仓促，组织条例或组织规程都未送台湾立法院审议，让在野立委颇为不爽。除质疑导弹司令部适法性外，将近13亿台币的年度预算也被冻结一半，要求“国防部”专案报告后才能动支。

　　据了解，已因为6108亿军购预算焦头烂额的现任“国防部长”李杰因此不愿意再横生枝节，再加上导弹司令部目前“只有拳头没有眼睛”，为维持战力一贯，幕僚建议裁撤导弹司令部，由具备长程预警能力的空军作战指挥部或者防炮指挥部接手。

　　不过，导弹司令部将耗费巨资添购“爱国者”三型导弹，为免排挤效应，再加上人力编制有陆军又有海军，对任何一个军种而言都是烫手山芋，空军接手意愿也颇低，不排除最后回到陆军导弹指挥部的可能。