1986年8月6日，美国海军舰艇特性与改进委员会（SCIB）就提出后续伯克级的批次升级计划，称为Flight 2，打算引入三军通用的联合战术数据分配系统（JTIDS，即Link-16数据链系统，通过此大型作战管理网络，陆、海空军各不同单位便可有效进行协同作战）、标准SM-2 Block IV舰空导弹（RIM-156A Block IV）、经过改进具备主动电子对抗能力的SLQ-32A（V）3电子战系统、配合战斧巡航导弹标定地平线外目标所需的TADIX-B数据链、用于协助战斧导弹标定目标的SRS-1无线电战斗测向系统等新装备。此阶段的宙斯盾系统称为Baseline 5，而Flight 2的满载排水量也增至九千吨以上。
1986年10月31日，新上任的海军作战部长（CNO）特罗斯特（Carlisle Trost）批准了伯克级Flight 2方案，从1990至1991预算年度进行细节设计。第一艘伯克Flight 2是1992预算年度开始建造的第22号舰马汉号（USS Mahan DDG-72），宙斯盾系统版本为Baseline 5.3。不过从第18至21号舰（DDG-68~71）便率先应用部分Flight 2的改进项目，其宙斯盾系统版本为Baseline 5.1/5.2。伯克Flight 2总共有7艘（DDG-72~78）。
