2003年6月，美国空军计划按照B-2超地平通信计划，在B-2轰炸机上增装Link-16数据链。应用Link-16数据链数据，将令B-2驾驶员实时获知飞机所处位置。
2003年9月10日，美国空军的一架在尤他州试验靶场，一次投放了80颗227千克的JDAM炸弹，轰炸了长度不到1609米的模拟小型机场。每颗JDAM炸弹都经过了单独编程，以理想的角度和航向，各自攻击了的预定目标。
2004年8月，诺斯罗普·格鲁门公司官员表示将向怀特曼空军基地交付首架具有新隐身涂层的B-2轰炸机，这标志着B-2的隐身和雷达改进工作达到关键里程碑。
2004年12月，在俄克拉荷马州廷克空军基地，E-3机载预警和控制系统飞机（AWACS）机队与该基地的全球力量轰炸机联合试飞工作队联合对B-2A隐身轰炸机实施Link-16数据链综合验证试验。
2006年4月，来自于美国俄亥俄州赖特帕特森空军基地材料与制造委员会的工程师们，与B-2系统小组和材料专家一起，解决了一个关键的材料成批生产问题。此问题直接影响美空军B-2轰炸机机队的作战可维护性，进而影响到作战可用性。
2006年9月，美国诺斯罗普·格鲁门公司和雷声公司表示，它们已向美国国防部建议一种逐年推进的增量式渐进升级途径，在未来许多年内对B-2进行改进。
2006年10月，美国诺斯罗普·格鲁门公司希望其B-2A轰炸机可作为试验平台，对美空军的下一代远程攻击系统(NGLRS)所需要的技术、武器和作战概念进行验证和评价。
2007年1月2日，美空军轰炸机主管称，空军对B-2隐身轰炸机进行一系列升级。有些升级工作已经完成，还有一些仍在规划中，有的将提前10年以上进行规划。
2007年3月，美国空军已经通过了B-2隐身轰炸机的主承包商——诺斯罗普·格鲁门公司提议的改进这种轰炸机的卫星通信系统的计划，同意该公司开始研制和验证极高频（EHF）卫星通信系统，以便使B-2隐身轰炸机发送和接收战场信息的能力提高约100倍。
